要在太仓注册跨境电商公司，需要按照以下步骤进行：

1、先申请公司名称，需要在太仓市工商局进行查询和预约。如果名称被占用，需要重新选择。

2、准备注册资金和股东信息。根据公司类型和注册资本的不同，资金要求也不同。同时，需要确定公司的股东和股权比例。

3、准备相关材料，包括身份证、营业执照、税务登记证、银行开户许可证等。

4、在太仓市工商局进行公司登记，提交相关材料，进行资料审核和审批。

5、注册完成后，需要在税务局进行税务登记，并开立银行账户。

6、根据需要，还需要申请相关的许可证和资质证书，如进出口许可证、跨境电商经营备案等。

以上是太仓跨境电商公司注册的基本流程，具体情况还需要根据公司类型和业务范围进行调整。建议在注册前，咨询专业的注册服务机构或律师，以确保注册流程顺利进行。